Попробуйте создать подграф g во временной структуре графа, а затем сохраните его.
g = new Neo4jGraph('/tmp/mygraph')
h = new TinkerGraph()
// some algorithm to map a subset of g to h
h.saveGraphML('subgraph.xml')
В противном случае довольно просто использовать gremlin для создания представления графа, например geoff , потому что это просто json и его легко (де) -сериализовать.