У меня есть оба файла, и таких предупреждений нет.
И из ответа, который вы связали, я бы сказал, что это означает, что вы должны проверить свой проект и удалить дублирующую ссылку на файл там.
Когда вы удаляете физический файл, скорее всего, ваше предупреждение «duplicate dylib» превратится в ошибку «file not found».
Как правило: когда вам нужно что-то изменить в /Developer
или, скажем, за пределами вашего пользовательского каталога, есть большая вероятность, что вы делаете что-то не так.
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Сводка: Нет, удалять произвольные файлы из SDK небезопасно.