Фактические отношения обычно применяются приложением, которое использует базу данных. Поэтому, если у вас есть отношение, которое идет от базы данных A к базе данных B, вы можете просто реализовать это в своем приложении.
Конечно, имея две разные базы данных, вы не можете получить внутреннюю поддержку отношений, которые вы обычно получаете от системы баз данных. Так, например, вы не можете указать внешние ключи и добавить правила на их основе.