Я полагаю, вам нужно что-то еще в духе:
/usr/bin/mono \
/path/to/ikvm-0.42.0.6/bin/ikvmc.exe \
/path/to/project/target/project-1.2.3.4.jar \
-out:/path/to/project/target/project-1.2.3.4.dll \
-keyfile:/path/to/project/target/private-key.snk \
-assembly:project-1.2.3.4 \
-fileversion:1.2.3.4 \
-version:1.2.3.4
Если ваше приложение зависит от сторонних jar-файлов, вам может понадобиться добавить их в jar-файл, используя затенение (не очень хорошая практика).