Если под «потоковой передачей» подразумевается «показ flash-видеоклипа», потоковая передача flv на самом деле не потоковая, а обычная передача файлов, при которой проигрыватель flash начинает воспроизведение, даже если файл загружен не полностью клиенту. Поиск по времени осуществляется стандартным способом HTTP со смещением загрузки файла - если вы прокрутите видео до половины на временной шкале и оно еще не загружено, текущая загрузка (чаще всего) прерывается и перезапускается со смещением размер файла / 2 байт.
Таким образом, вы можете использовать обычный старый readfile() и правильно исправить заголовки HTTP-типа mime с помощью header(). Но, поскольку вам нужно искать, вам нужно проанализировать HTTP-запрос и вместо readfile() использовать fpassthru(), вместо этого ища нужное место.
tl; dr : Избегайте обработки этого на стороне PHP, и пусть Apache (или httpd по вашему выбору) обрабатывает это вместо этого.