Я нашел решение своей проблемы, но оно все еще не отвечает на мой вопрос.
Мне пришлось изменить строку:
PreferenceManager.setDefaultValues(this, R.xml.preferences, false);
в
PreferenceManager.setDefaultValues(this, R.xml.preferences, true);
Как сказано в документации, установка readAgain не должна перезаписывать любые существующие значения предпочтений:
"Примечание: это НЕ сбрасывает настройки
вернуться к значениям по умолчанию. "
Простое использование «true» работает для меня, но я до сих пор не знаю, почему при использовании «false» установлены только значения по умолчанию для трех моих предпочтений, даже если xml-файл, содержащий KEY_HAS_SET_DEFAULT_VALUES, не существовал (и поэтому не было установлено в true) на устройстве (оно существовало только до тех пор, пока я не вызвал описанный выше метод).
Если кто-нибудь знает возможную причину такого поведения, пожалуйста, дайте мне знать!