Java и Node.js (с несколькими исключениями) могут в основном выполнять одну и ту же серверную работу, поэтому имхо слишком сложно использовать их оба, так или иначе, я думаю, вам следует сначала подумать о том, сколько слоев должно иметь ваше приложение а потом как ты хочешь их реализовать.
Например, вы можете получить несколько вызовов ajax со своих страниц html5 в интерфейс REST, реализованный в Node.js, который, в свою очередь, вызывает Java WS, но, опять же, все зависит от того, что вы хотите сделать с этим приложением.