Hibernate использует SLF4j в качестве API для ведения журнала. Глядя на этот API, я не могу найти способ программно настроить уровень ведения журнала.
Так что, по моему мнению, вы должны напрямую использовать базовую систему ведения журнала. Это зависит от того, что вы настроили. При использовании log4j это будет что-то вроде
import org.apache.log4j.Logger;
import org.apache.log4j.Level;
...
Logger log = Logger.getLogger("org.hibernate.SQL");
log.setLevel(Level.DEBUG);
Но помните, что в этом случае ваш код зависит от базовой реализации протоколирования.