Ваши файлы поиска заголовка, вероятно, были кэшированы в папке кэша Xcode, и при восстановлении с машины времени эти файлы кэша не были восстановлены.
если хотите, попробуйте сравнить папку поиска заголовка в обоих проектах, чтобы увидеть разницу.
Проект должен иметь эти: (при условии, что ваш проект находится в той же папке, что и Three20)
HEADER_SEARCH_PATHS = $(BUILT_PRODUCTS_DIR)/../three20
$(BUILT_PRODUCTS_DIR)/../../three20
../three20/Build/Products/three20