Если вы установите переменную classpath, то все другие программы, для которых вы не указали classpath во время компиляции или выполнения, примут тот же classpath. Это приведет к проблеме, так или иначе. Как сказал Сниколас, это очень статичный способ ведения дел.
Вместо этого я хотел бы предложить следующее: если в вашей ОС установлена переменная типа JAR_PATH, то используйте саму переменную, как показано ниже:
Windows: java -classpath %JAR_PATH%;<other elements of your classpath> mainclass
Unix: java -classpath $JAR_PATH:<other elements of your classpath> mainclass