Если вы используете класс для конфигурации (почему?), То вы должны его инициализировать. или используйте статический класс vars.
require('configuration.php');
$config = new JConfig;
echo $config->user;
Вы также можете использовать только определяет, например,
define('DB_USER', 'yourusername');
define('DB_PASS', 'yourpassword');
после включения / запроса, вы просто делаете:
echo DB_USER;
Ссылка: http://php.net/manual/en/language.oop5.static.php
РЕДАКТИРОВАТЬ: после вашего редактирования я думаю, что вы имеете в виду что-то другое.
вам потребуется 2 файла конфигурации.
config_default.php
config.php
пользователи пишут свои конфигурации в config.php, а ваши - в config_default.php
сначала вам нужно будет включить config_default.php, а затем config.php. Обратите внимание, что это работает только с переменными. если вы используете классы, вам придется написать код для инициализации классов с правильными переменными конфигурации.