Идея модулей состоит в том, чтобы определить автономную группу файлов не только потому, что они могут иметь собственную автономную историю (набор ревизий), но и потому, что на них можно ссылаться или развертывать независимо.
Если в вашем случае упомянутые модули действительно состоят только из одного файла, использование одного модуля на файл может быть излишним.
Одного репо вполне может хватить, если вы сделаетеубедитесь, что каждая фиксация относится к одному из этих модулей (т.е. измените только один или два файла для конкретного модуля).
Если у вас нет группы этих модулей, которые можно использовать / развертывать независимо от остальных (в этом случае 2 репозитория Git для двух «супермодулей» (в порядке) достаточно простого репо «модулей».