Я понимаю, что это старый вопрос, но у меня недавно была эта проблема, поэтому хотел поделиться.
Предполагается, что вы выбрали рабочий набор преднамеренно или случайно, и поэтому вы можете видеть только проекты, которые являются частью этого набора.
В Zend Studio / Eclipse щелкните треугольник вниз в дальнем правом углу панели Explorer и выберите «Отменить выбор рабочего набора», если он не выделен серым цветом. Это удалит конфигурацию вашего рабочего набора и отобразит все проекты независимо от рабочего набора.