Никакие файлы javascript не будут анализироваться как php, и поэтому не будут обрабатывать любые шорткоды или php.
Почему бы просто не сделать ваши ссылки относительными.Часто я обнаруживаю поддомен в своей копии dev, устраняя любые проблемы при перемещении сайта в реальном времени и неработающих ссылок.
Вы можете обмануть и дать ссылку на php-файл, который затем передает информацию заголовка в виде Javascript.Хотя не выглядит очень элегантно.См. здесь .
Или вы можете просто объявить переменную в небольшом количестве встроенного Javascript и выбрать ее во внешнем файле JS.
<script type="text/javascript">
var siteURL= '<?php bloginfo('url');?>';
</script>
<script type="text/javascript" src="yourscript.js"></script>
Затем вyourscript.js просто ссылается на переменную siteURL