Я бы не создавал резервные копии в структуре папок, есть вероятность, что кто-то найдет ваши резервные папки и перейдет к ним, запустив старый код. Если вы заархивируете его, то у вас вдруг появятся файлы, которые кто-то тоже сможет скачать. Еще более забавно, если, как многие люди, когда вы меняете web.config, вы переименовываете старый в web.config.bak, многие сканеры безопасности ищут это, потому что теперь его можно скачать, поскольку он больше не является. файл конфигурации, но .bak.
Резервное копирование вне корня сети, а не внутри, и все эти заботы исчезнут.