AFAIK, что делает QtCreator, сводится к следующему:
mkdir my_shadow_build
cd my_shadow_build
qmake ../my_src_dir
это создает сам Makefile в каталоге сборки и просто запускает
make
там создает все временные файлы в каталоге сборки, используя источники из исходного каталога. Это не требует каких-либо специальных действий в файле .pro, а зависит только от использования «извне».