Мы изначально использовали HSQLDB для аналогичного приложения. Но после того, как он начал работать с ним, некоторые из пользователей столкнулись со случайным повреждением данных (хотя их форум выглядит как общая проблема), поэтому мы переключились на Derby, который оказался стабильным. Так что мой голос - Дерби.
Кроме того, я бы держался в стороне от режима гибернации для настольных приложений из-за огромного времени запуска (он должен подготовить метаданные заранее), если только у вас нет нескольких таблиц / моделей.