jni.h является частью NDK, тот факт, что затмение не увидит его, заключается в том, что он не знает, где он находится.
в свойствах c ++ вашего проекта вы должны включить NDK для вашей платформы, расположенной в {ANDROID_NDK}/platforms/android-{version}/arch/arm/usr/include
Вы можете получить больше информации о настройке вашего ide здесь
Но я не думаю, что это ваша проблема, даже если Eclipse покажет вам ошибки, так как он не настроен должным образом, он не окажет никакой помощи.
опубликуйте свои ошибки в logcat, может быть, мы поможем?