Вы можете посмотреть здесь на этом сайте , объясняющем, как добавить к внешним инструментам способ вызывать его напрямую из vss.
Просто не забудьте использовать правильный файл xsd.exe.которые нацелены на ваш проект .NET Framework.
Для .net Framework 4 используйте тот, который расположен в C: \ Program Files (x86) \ Microsoft SDKs \ Windows \ v7.0A \ Bin \ NETFX 4.0 Tools
Надеюсь, это поможет вам.