Вам просто нужно использовать правильное цитирование. С кавычками вы довольно безопасно делать то, что вы хотите. За исключением вещей, связанных с символами регулярного выражения, такими как '|'. так стало бы так:
perl -pi -e 's/\|foo\|/|bar|/gi' /home/smith/myfile.txt
Примеры> foo <проще, потому что они не являются символами регулярного выражения. </p>