Установить среду «научного питона»: OS X 10.7 + Numpy + Scipy + Matplotlib

Question

Что я мог сделать вместо этого, чтобы заставить эти элементы работать вместе? Должен ли я просто перенести все на Windows 7 (я бы предпочел, но если это единственный надежный способ.)

Хорошо, вот что случилось: я хотел установить numpy / scipy на мой Mac, который работает с 10.7. К сожалению, numpy ver1.6 поддерживает только Python 2.6. Я иду и устанавливаю Python 2.6, но Python 2.6 не работает; значок приложения отскакивает и автоматически выходит. (В ретроспективе это странно, потому что я слышал Python 2.7 и NumPy поставляется с Mac; но когда я попытался использовать пример кода с NUMPY сайта, это не удалось.)

Теперь в реальной привязке, так что я в конце концов нашел это: http://stronginference.com/scipy-superpack/ Который каким-то образом устанавливает NumPy 2.0, Scipy (0,11), Matplotlib (1,2), iPython (0,12), Pandas (0,5,1), а также PyMC (2,2 альфа).

Казалось, что это сработало, Numpy действительно работал с некоторым примером кода, который они предоставили на python 2.7. Но поскольку я работал над практическими проблемами, я обнаружил, что matplotlib больше не работает вообще. Средство запуска python (я думаю .... это значок приложения для запуска python, но просто произносит имя "python") подпрыгивает в панели приложений и в итоге зависает. Я волновался, что это может быть из-за того, что раньше у меня был установлен пакет matplotlib 1.1, поэтому я следовал инструкциям по очистке деинсталляции matplotlib с последующей установкой с помощью scipy-superpack.

По-прежнему не работает так же, как и раньше. Теперь я сделал чистую установку Matplotlib 1.1 в надежде, что он работает. И когда я "импортирую pylab", он выдает тонну сообщений об ошибках.

Любой совет будет принят с благодарностью.

Answer 1

Если вы готовы следовать более долгосрочному подходу, я бы посоветовал вам пройти через MacPorts менеджер пакетов : у них есть все это программное обеспечение, и оно просто работает.Я успешно использовал этот подход в Mac OS X Lion.

Сначала вы устанавливаете менеджер пакетов MacPorts, а затем устанавливаете программы , как объяснено на их сайте: sudo port install python27 py27-numpy py27-scipy py27-matplotlib py27-ipython.

Одним из преимуществ подхода MacPorts является то, что вы не трогаете оригинальное программное обеспечение Mac OS X : их программы хранятся в /opt/local/ (наряду с некоторыми программами в /Applications/MacPorts/, такими как Gimp или Python's Idle),Процедура установки должна поставить /opt/local/ перед вашим путем, чтобы вы автоматически использовали программы MacPort вместо программ, установленных по умолчанию на Mac.

Другое преимущество заключается в том, что MacPorts автоматически загружает любые дополнительные необходимыепрограммы (зависимости) для вас.

Их пакеты довольно актуальны , и их много из них(12k +, на момент написания этой статьи).Итак, с маршрутом MacPorts у вас будет доступ ко многим дополнительным программам.

Примечание: у меня большой опыт работы с другим менеджером пакетов для Mac OS X: Fink.Я считаю, что MacPorts проще, надежнее и современнее.Итак, я от всей души рекомендую это.

PS : я считаю, что вам также нужно создать новую команду python MacPorts с sudo port select python python27 и сделать то же самое для IPython: sudo port select ipython ipython27.По сути, эти команды определяют, какая версия Python и IPython будет вызываться при использовании команд python и ipython в оболочке.

PPS от JD Long : я попробовал следующееэти инструкции от 16 мая 2012 года и, возможно, из-за версий, или, возможно, из-за идиосинкразий на моем Mac, мне также пришлось запустить sudo port install py27-tornado py27-zmq, чтобы заставить работать полностью функционирующий стек ipython / notebook.

Answer 2

Другой вариант будет EPD или EPD Free .Либо установит NumPy, SciPy, matplotlib, IPython, Traits и Chaco в Windows, OSX или Linux.EPD - это версия для кухонной раковины с более чем 90 библиотеками для науки и анализа, доступная по подписке (бесплатно для ученых).EPD Free бесплатен для коммерческого использования, распространения и т. Д.

Answer 3

Установка Python, virtualenv, NumPy, SciPy, matplotlib и IPython на Lion или Mountain Lion проведет вас по шагам.

(Обратите внимание, что текущая версия руководства по состоянию на 2013 г. теперь доступна здесь: Установка научного Python в Mac OS X )

1. Чистая установка Mac OS 10.7 Lion
2. Установка Homebrew
3. Установка Python (и pip)
4. Установка virtualenv
5. Установка NumPy, SciPy и matplotlib
6. Установка IPython и qtconsole

с 3 страницами ясного повествовательного текста.

(У него также есть несколько забавных комментариев, хороших ссылок: Я умею чартджанк, и вы тоже можете"... учебник, который фактически уничтожит информацию за 25 шагов".)

Answer 4

Вы также можете попробовать упаковать вашу установку numpy / scipy / matplotlib / ... с помощью virtualenv.Пошаговый рецепт, чтобы сделать это, используя homebrew, описан здесь .Это работало нормально для меня.Надеюсь, это поможет.

Answer 5

Вот некоторые ресурсы, на которые я опирался при устранении неполадок, связанных с установкой моей научной платформы Python на Snow Leopard и Lion.

Блог HyperJeff

Сначала я использовал эту ссылку для Snow Leopard, а затем снова для Lion.Это отличное и очень подробное пошаговое руководство по установке 64-битных NumPy, SciPY и Matplotlib на Mac OS X 10.6 (хотя, как оказалось, оно одинаково полезно для 10.7).В этом «руководстве по выживанию» есть пара вещей:

• это пошаговое руководство , которое делает оченьНесколько предположений, так, например, первый шаг - настройка вашего .bash_profile с соответствующими переменными среды для цели развертывания, путей конфигурации пакетов, cflags.

• это на самом деле предоставляет код - отдельные команды оболочки для извлечения / загрузки, настройки, сборки и установки всех трех пакетов и их зависимостей;кроме того, эта запись блога содержит различия всех конфигурационных файлов, которые автор рекомендует отредактировать перед установкой

• это проверено сообществом - возможно, имеется около 100 комментариев к первоначальному Посту, почти на все из которых автор ответил, а в некоторых случаях пересмотрел текст своего оригинального руководства;Кроме того, комментарии охватывают довольно много крайних случаев.

Астрологический факультет Вашингтонского университета

Это началось с 10,3 (Пантера), но на самом деле оно актуально;они просто не удосужились пересмотреть этот документ в тех случаях, когда пересмотр является тривиальным изменением, например, с 10,3 до 10,7.

Этот ресурс полезен, потому что он подробно обсуждал то, что всегда кажется проблемой дляя - NumPy и SciPy в порядке, но Matplotlib не работает, и происходит сбой из-за libpng, libjpeg и др.

---

Некоторые (эмпирически) вероятные причины неудачной установки NumPy / SciPy / Matplotlib (все, к сожалению, на основе личного опыта):

libpng , freetype , zlib : все зависимости Matplotlib.Один из возможных источников проблем, но не единственный, вызван версиями Matplotlib выше 1.0, которые не компилируются («по умолчанию») с libpng версии 1.5, но эта версия, скорее всего, будет у разработчика на их Mac, потому чтоверсия, включенная в X11, поставляется с 10.7 версиями XCode (версия 4.0 - 4.2).Помимо этой проблемы, лучше использовать XQuartz , а не Xll, поставляемый с XCode.Аналогично, в прошлом поставляемый Apple X11 включал ломаную версию freetype (v. 2.3.12, в частности)

Конфигурация Matplotlib по умолчанию : наиболееПростой способ отказаться от этих значений по умолчанию - отредактировать файлы make.osx и setup.cfg.template, которые включены в исходный каталог верхнего уровня Matplotlib.Сообщения в блоге HyperJeff (см. Выше) и в блоге Supine Sublime очень полезны в этом наборе вопросов.

Библиотека быстрого преобразования Фурье, поддерживаемая Apple : различные проблемы здесь;Я полагаю, что одним из наиболее постоянных явлений было отсутствие привязок на Фортране в версии библиотеки FFT, поставляемой с Mac Developer Tools.В любом случае, нетрудно просто получить последнюю версию золотого стандарта для библиотек FFT, FFTW и установить ее из исходного кода.

Answer 6

Это очень старое, но оно высоко в Google, поэтому я просто хотел присоединиться к Anaconda -

https://www.continuum.io/downloads

Просто графический установщик, который вы запускаете для его установкикак и все остальное, без возни с .bashrc или чем-либо еще.Имеет тупой, scipy, я думаю, что он может иметь sklearn, в основном все, что вы хотели бы с Python - плюс он не требует root-доступа / Windows UAC, что может быть критично в определенных корпоративных / правительственных средах, которые плотно закрыты.Работает для Mac и Windows, никогда не пробовал с Linux.