Похоже, ваш javascript выполняется до того, как DOM будет готов.Многие библиотеки javascript включают механизм добавления события, когда DOM готов, в противном случае можно использовать событие body onload.
Вы можете попробовать поместить свой javascript внизу документа, но этонет никакой гарантии, что код не будет выполнен до того, как страница загрузится достаточно для того, чтобы браузер смог построить дерево DOM.Вам гораздо лучше использовать фреймворк с событием ready или domready (например, mootools или jquery), ИЛИ использовать событие body onload, как упомянуто.
Пример:
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
var initPage = function() {
// do stuff
}
</script>
</head>
<body onload="initPage();">
<!-- page content -->
</body>
</html>