Ваш сервер , вероятно, не подвержен риску вирусов; однако, вы все равно, возможно, захотите проверить файлы - для клиента, использующего Windows, вполне возможно загрузить зараженный файл, а для другого клиента, использующего Windows, загрузить его и заразить себя. Проверяя наличие вредоносного ПО на сервере, вы можете остановить его распространение - таким образом, чистый результат будет положительным, даже если вредоносное ПО не атакует ваш сервер напрямую .
Если на вашем сервере работает что-то UN * X-ish (Linux, BSD, ...), вы можете посмотреть ClamAV и его привязки к Java, clamavj : они предоставляют различные возможности сканирования (например, по требованию или автоматически в заданном месте), даже на наличие вредоносных программ для разных платформ (например, вы можете проверять наличие вирусов Windows, даже если ваш сервер работает под управлением Linux).