Может случиться так, что репозитории, с которыми у вас есть проблемы, уже находятся на диске на вашей удаленной машине (клонирование должно работать, так как они существуют на github), но их «источником» является репо, которого не существует.
Откройте aws-sdk-for-php / .git / config и убедитесь, что его URL-адрес совпадает с URL-адресом в файле deps, например. URL ниже должен быть
[remote "origin"]
fetch = ..
url = http://github.com/amazonwebservices/aws-sdk-for-php.git