Для запуска простых .net Applications mono - инструмент на ваш выбор! Я использовал его для многих приложений, и он работал без серьезных глюков. Я бы не рекомендовал начинать разработку на Mono. Некоторые люди в моем классе пытались сделать C # на Linux с моно, и потерпели неудачу.
Когда вы делаете простые вещи, они работают хорошо, но когда вы переходите к более сложным вещам, таким как использование NHibernate или что-то в этом роде, это может вас подвести. И вы пропустите самое лучшее в .net - Среду разработки и то, что все работает вместе, потому что все обеспечивается Microsoft.