MDF кажется наиболее гибким решением, но для его использования необходимо установить SQL Server Express.
Как вы планируете выполнять процессы CRUD? Если вы хотите использовать Linq to SQL, вы немного ограничены: он поддерживает только SQL 2005, Sql 2008 и Sql Compact.
Кроме того, приложение должно быть отключено, частично, полностью подключено к Интернету? Это может придать вес вашему решению.
IMO, я бы начал с выпуска SQL Server Compact и, если это слишком ограничивало, перешел на SQL Server Express. (.MDF)