Решение состоит в том, чтобы переопределить только модели и оставить блок-контроллер с помощью модуля Enterprise_CustomerSegment.
Эти файлы потребуются для обновления модуля CustomerSegment для добавления отчета о постоянном заказе:
CustomModule/CustomerSegment/etc/config.xml
(со всеми моделями)
CustomModule/CustomerSegment/Model/Condition/Combine/Abstract.php
(это не обязательно должно быть переопределено)
CustomModule/CustomerSegment/Model/Segment/Condition/Combine/Root.php
CustomModule/CustomerSegment/Model/Segment/Condition/Standingorder/Frequency.php
CustomModule/CustomerSegment/Model/Segment/Condition/Combine.php
CustomModule/CustomerSegment/Model/Segment/Condition/Standingorder.php
CustomModule/CustomerSegment/Model/Segment.php
(это не обязательно должно быть переопределено)