Для меня одной из сильных сторон XML является то, что иерархическая природа элементов XML идеально подходит для описания иерархического расположения объектов, как, например, в вашем случае. Поэтому я предпочитаю ваш первый вариант, так как ваша XML-структура больше напоминает структуру ваших данных. Это намного облегчает чтение, управление и понимание, ИМХО.
Тем не менее, только вы действительно можете сказать, стоит ли дополнительных усилий, необходимых для его работы с существующей кодовой базой. Конечно, ничто не мешает сделать это вторым способом, если вы считаете, что необходимые модификации слишком сложны / трудоемки, я просто не думаю, что это такое элегантное решение.