SqlCommand.CommandTimeout = предел времени ожидания для вашего запроса SQL. Означает, сколько времени (например: SELECT, UPDATE) может занять запрос для его выполнения. Если он превышает SqlCommand.CommandTimeout, выполнение прекращается. Произойдет ошибка тайм-аута команды.
SqlConnection.ConnectionTimeout = время ожидания для вашего соединения. Означает, сколько раз ваш объект соединения может пытаться соединиться. Если оно превышает указанное время, соединение прекращается. Произойдет ошибка тайм-аута соединения.