AFAIK, вы не можете установить значение напрямую, но вместо этого должны использовать свойство навигации. Поэтому, если у вас есть родительский ряд, для которого вы хотите установить внешний ключ равным 15, он будет выглядеть так:
var Child = (from c in context.Children
where id = 15).Single();
Parent.Child = Child;
context.SaveChanges();