Единственная проблема заключается в том, что ParseControl не вызывает компиляцию, поэтому, если в вашем ascx есть какие-либо коды, они не будут выполнены.
Пока единственной возможностью для меня было написать ascxв файл (постоянно или временно), а затем используйте метод LoadControl для загрузки ascx.