На самом деле вы можете усечь всю таблицу - но вам нужно убедиться, что вы установили идентификатор автоматического приращения обратно к тому, что был ранее.
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
DELETE FROM `sales_flat_quote` WHERE updated_at < DATE_SUB(Now(),INTERVAL 60 DAY)
Тем не менее, гораздо проще простоусекать записи старше X дней.Magento должен делать это автоматически как часть очистки журнала - но я никогда не видел, как он работает должным образом (от 1,4 CE до 1,10 EE)
Более подробное объяснение вы можете найтиздесь http://www.sonassi.com/knowledge-base/magento-knowledge-base/enourmous-magento-sales_flat_quote-tables/
Я бы проверил и другие ваши таблицы журналов, поскольку они, вероятно, также будут постоянно расти, вы можете использовать тот же подход с этими, http://www.sonassi.com/knowledge-base/magento-knowledge-base/speed-up-magento-product-import-export-and-general-via-the-database/