У меня была та же проблема некоторое время назад, и решение было многочастным (ни одна часть проблемы не появлялась, пока все части не стали проблемными вместе). PConnect должен быть отключен, если вы не знаете, как его использовать (как говорили другие).
Еще одна вещь, которую стоит рассмотреть, является ли ваш веб-сервер многопоточным (например, рабочий режим Apache - наиболее распространенные веб-серверы). Если вы получаете большой трафик, и ваши потоки не закрываются быстро, возможно, вы превышаете некоторые ограничения одновременных подключений к веб-серверу / серверу базы данных или исчерпываете ресурсы памяти / процессора. Это может привести к зависанию некоторых соединений с базой данных.
Итак, я бы проверил другие признаки проблемы и не предполагал, что база данных является источником. Это вполне может быть симптомом. У вас есть какая-либо информация о нулевых соединениях (например, какой пользователь базы данных их породил)? Это может помочь вам проследить это ...
Редактировать: Одна вещь, которую я забыл - иногда ошибки PHP могут испортить операции деструкции CI (которые, как я понимаю, автоматически закрывают соединения), так что вы также можете проверить свои журналы ошибок.