Использование perl
$ perl -pe 's/\.[A-Z.]*?,/,/' input
AAA,A-name,num1,num2,num3
BBB,B-name,num1,num2,num3
CCC,C-name,num1,num2,num3
EEE,E-name,num1,num2,num3
HHH.H-name,num1,num2,num3
СЭД
$ sed 's/\.[A-Z.]*,/,/' input
AAA,A-name,num1,num2,num3
BBB,B-name,num1,num2,num3
CCC,C-name,num1,num2,num3
EEE,E-name,num1,num2,num3
HHH.H-name,num1,num2,num3
и awk
$ awk '/\./{sub(/\.[A-Z.]*,/, ",", $0)}{print}' input
AAA,A-name,num1,num2,num3
BBB,B-name,num1,num2,num3
CCC,C-name,num1,num2,num3
EEE,E-name,num1,num2,num3
HHH.H-name,num1,num2,num3