Игнорирование того, что я считаю опечаткой в вашем вопросе (частоты C должны быть 4 и 3, верно, а не 2 и 3?), Вы можете сделать это, приведя к фреймам данных и затем объединив:
t1 <- table(rep(LETTERS[1:3],times=c(1,2,4)))
t2 <- table(rep(c("C","D",'E'),times=c(3,4,4)))
merge(as.data.frame(t1),as.data.frame(t2),by="Var1",all=T)
и затем преобразование NA в нули.