Я думаю, что файлы .jsi - это фрагменты JSP, которые предназначены для включения в другие JSP с использованием механизма включения JSP.
Причина различного суффикса состоит в том, чтобы предотвратить случайное появление файловскомпилированы (или проверены), как если бы они были полными JSP.