Насколько я понимаю, куки привязаны к домену. Браузер отправит все файлы cookie, установленные на * .yourdomain.com. Лучше всего создать виртуальный хост «static.yourdomain.com» и убедиться, что ваше приложение не устанавливает файлы cookie для этого домена. Таким образом, вы можете сохранить существующую структуру папок.
Конечно, гораздо лучше разместить CDN без файлов cookie, например Amazon Cloudfront, но это может потребовать гораздо больше усилий.