Когда вы регистрируетесь, оно спрашивает о приложении, но это только потому, что оно открыто только для разработчиков Android. Это говорит прямо вверху для приложений. При регистрации просто убедитесь, что идентификатор приложения одинаков в обоих приложениях.
Intent registrationIntent = new Intent("com.google.android.c2dm.intent.REGISTER");
registrationIntent.putExtra("app", ap_id); // your app id.
registrationIntent.putExtra("sender", "youremail@address.com");
startService(registrationIntent);
Оба приложения будут учитываться в квоте одного сообщения для зарегистрированного приложения.