Таким образом, вы создаете не наборы, а обычные списки. Используйте функцию set
:
rare = set(["word1","word4","word5"])
freq = set(["word1","word2","word3"])
Может быть, вы путаете наборы с кортежами. Кортеж создается с выражениями в скобках, но вы должны указать хотя бы запятую:
("this", "is", "a", "tuple")
("anotherone",)
Кортежи похожи на неизменяемые списки, но они не являются множествами.