Короче говоря, таксономия была добавлена начиная с WordPress v3.0 и представляет собой механизм группировки.
Лучший и наиболее полный ответ, который я смог найти, - это сам Кодекс: http://codex.wordpress.org/Taxonomies#What_is_a_taxonomy.3F
Чтобы ответить на ваш вопрос о том, какой из них вы должны использовать, любой из них может работать, это в некоторой степени зависит от вашего применения.
Примите во внимание теги переполнения стека, так как, когда вы впервые публикуете вопрос, вы можете добавить столько тегов, сколько захотите; модератор или пользователь с достаточной репутацией могут прийти, отредактировать его и удалить теги. Зачем? Обычно это связано с тем, что у новых тегов еще не будет подписчиков, а изменение или добавление добавления тега с большим числом подписчиков означает большую вероятность того, что на ваш вопрос ответят заинтересованные стороны.