Проблема не в Silverlight, а в iframe.Iframe обрабатывается как другое окно, так что если оно будет блокировать что-либо на странице под ним.Z-индекс на iframe действительно не действует.
Можете ли вы просто вставить свой объект silverlight на страницу вместо использования iframe?
Или вы можете изменить свое меню, чтобы оно имелоЕсли под ним и iframe, то вы можете использовать z-index, чтобы получить его впереди.Это похоже на взлом, необходимый для получения z-индекса для размещения элементов над полями выбора в IE6.