Какая версия IIS? Если вы используете 5.1 или 6, вам придется использовать com-объекты, чтобы добраться туда. Если используется 7, у вас есть возможность новых классов в .net.
Для 5.1 и 6 я склонен использовать ADSI, а не WMI, потому что я видел много систем, в которых WMI нестабилен или неправильно установлен. Не уверен, как это происходит, но я никогда не сталкивался с проблемой при использовании объектов ADSI. Примечание. На самом деле вы все еще можете использовать их в IIS 7, но вам нужно включить опцию «Совместимость управления IIS 6» в разделе «Добавить / удалить компоненты Windows».
Для получения дополнительной информации об объектах на основе IIS7, проверьте:
Создание виртуального каталога в IIS с помощью c #