Или вы просто создаете сценарий оболочки и делаете что-то подобное (не быстро, но чисто):
/*
* Starter
* */
public function run()
{
error_reporting(E_ALL);
ini_set('display_errors', 1);
ini_set('memory_limit', '4096M');
if (!$this->getArg('iknowwhatido') || $this->getArg('iknowwhatido') != 'yes') {
$this->usageHelp();
echo "DEACTIVATED (call it with param '-iknowwhatido yes' to make it work!) \n";
return -1;
}
Mage::register('isSecureArea', true);
$customers = Mage::getModel("customer/customer")->getCollection()->delete();
}