Метод ToString
в XmlDocument не предназначен для вывода красивой версии xml, содержащейся в нем.
Лучше всего просто преобразовать этот XmlDocument в XDocument, поскольку он поддерживает метод ToString, который выводит фактический XML:
XmlDocument doc = (XmlDocument)JsonConvert.DeserializeXmlNode(json);
XDocument linqXML = XDocument.Load(new XmlNodeReader(doc));
returnXML = linqXML.ToString();