prompt
равно всегда true: по умолчанию, и когда что-то отличается от нуля.
Вместо этого установите по умолчанию значение false и при необходимости измените на true
:
var prompt = false; // set to false by default
$('input.qty').each(function(i, input) {
if ($(input).val() != '0') {
prompt = true;
}
});
if (prompt) {
return e.returnValue = 'Some warning message';
}