Как уже говорили другие, простые переменные, такие как логические значения, передаются по значению, а не по ссылке в Javascript, поэтому изменить это невозможно.
Если у вас несколько переменных, подобных этой:
var q0=false, q1=false, qX=false;
тогда может быть проще поместить их в массив:
var qArray = [false, false, false];
Тогда, поскольку массивы и объекты передаются таким образом, что вы можете изменить оригинал, вы можете передать массив итакой индекс вашей функции, и вы сможете изменить исходные данные из вашей функции:
function counter_radio(q, index, id){
if (q[index] === false) {
q[index] = true;
count++;
$("#counter").css("width", count);
$("#percent").text(count + "%");
}
$("span#"+id).append(", " + q[index]);
$("span#"+id).fadeIn();
}
counter_radio(qArray, 2, id);