Не зная больше, я бы просмотрел ваши соответствующие файлы .sln и .csproj или .vbproj и убедился, что относительный путь к включенным проектам не перезаписывается каждый раз, когда один из вас фиксирует изменения.
Ниже приведены примеры включенных ссылок на проекты в файлы вашего решения / проекта:
.sln
Project("{6f8415d8-82c0-4e47-8ddd-f3962bb3b518}") = "QuickJoe.Awesome", "QuickJoe.Awesome\QuickJoe.Awesome.csproj", "{e623a940-79ba-4762-af02-84993a2b37b7}"
EndProject
Project("{6f8415d8-82c0-4e47-8ddd-f3962bb3b518}") = "QuickJoe", "..\qjs\QuickJoe\QuickJoe.csproj", "{6754372e-b253-41be-9b83-23cf8bea786f}"
EndProject
.csproj / .vbproj
<ItemGroup>
<ProjectReference Include="..\..\qjs\QuickJoe\QuickJoe.csproj">
<Project>{6754372e-b253-41be-9b83-23cf8bea786f}</Project>
<Name>QuickJoe</Name>
</ProjectReference>
</ItemGroup>
Еще один хороший совет (если вы этого еще не сделали) - специально исключить файлы .user и .suo. В некоторых случаях они активно вредят при загрузке на другую рабочую станцию.