Вывод C # md5 может выглядеть следующим образом: 09-8F-6B-CD-46-21-D3-73-CA-DE-4E-83-26-27-B4-F6
Вывод Javascript md5 выглядит следующим образом: 098f6bcd4621d373cade4e832627b4f6
Чтобы он выглядел одинаково, просто возьмите вывод c # и сделайте так:
csharp_md5.ToLower().Replace('-', '');
md5 - идентичный носитель для всех языков, полученные буквенно-цифровые символы всегда одинаковы.