Так как flot уже не связан с div, в который он строит графики, несколько графиков должны быть такими же простыми, как и отдельные графики:
<div id="plot1"></div>
<div id="plot2"></div>
....
//some script fragment
$.plot($('#plot1'), dataFor1, options);
$.plot($('#plot2'), dataFor2, options);