Я знаю, что эта ветка старая, но я не уверен, что мне нравятся ответы на эту проблему. Вместо того, чтобы пытаться получить доступ к Реестру напрямую через Javascript, попробуйте написать Java-апплет и поговорить с java-апплетом, используя Javascript. Затем в JavaApplet вы можете написать некоторый код JNI, чтобы написать нативный DLL, чтобы делать то, что вам нужно. Это не является прямым решением вашей проблемы, но позволит вам делать то, что вам нужно, в нескольких браузерах. Недостатком является то, что вы не можете использовать его в браузерах, которые не поддерживают запуск Java-апплета, таких как мобильная платформа.
Этот метод также потребует от вас подписи вашего Java-апплета. Вот как вы можете обойти проблемы безопасности. Пользователь должен будет принять апплет в первый раз, чтобы предоставить безопасный доступ.